مثبت شدن کشت و شناسایی باکتری بیماری زا در نمونه کشت خلط نشان دهنده ی عفونت میکروبی در دستگاه تنفسی می باشد. شایع ترین عامل پنومونی میکروبی در بزرگسالان، استرپ پنومونی (Streptococcus pneumoniae) است. سایر باکتری های شایع عامل ایجاد پنومونی عبارتند از: Staphylococcus aureus Haemophilus influenza Moraxella catarrhalis Klebsiella pneumonia Streptococcus pyogenes اگر میکروارگانیسمی در محیط کشت رشد نماید و کشت مثبت شود، باید حساسیت میکروارگانیسم های مربوطه به آنتی بیوتیک های گوناگون نیز مورد بررسی قرار گیرد. نیاز یا عدم نیاز به انجام (آزمایش حساسیت) پس از شناسایی باکتری مشخص می شود، زیرا انجام آزمایش حساسیت برای همه بکتری ها لازم نیست. برخی باکتری ها فقط به آنتی بیوتیک های خاصی جواب می دهند و انجام آزمایش حساسیت برای آن ها ضرورت ندارد. در صورت عدم شناسایی باکتری بیماری زا در نمونه خلط بیمار با علایم عفونت مجاری تنفسی تحتانی، چند احتمال مطرح می شود: 1. علایم بیمار به دلیل عفونت ویروسی است. 2. پاتوژن مورد نظر به اندازه کافی در نمونه جمع آوری شده وجود نداشته و بنابراین با متدهای مورد استفاده قابل شناسایی نبوده است. 3. میکروارگانیسم عامل بیماری، با متد کشت مورد استفاده، قابل تشخیص نبوده است. نمونه میکروارگانیسم هایی که در محیط کشت معمولی رشد نمی کنند عبارتند از: مایکوپلاسما (Mycoplasma pneumoniae) کلامیدیا (Chlamydia Pneumonia) سوش های لژیونلا (Legionella) مایکوباکتریومتوبرکلوز (Mycobacterium tuberclusis) پنوموسیستیس (Pneumocystis jiroveci): یک نوع قارچ که بیش تر در بیماران مبتلا به نقص ایمنی مانند دریافت کننده ی پیوند یا بیماران مبتلا به ایدز مشاهده می شود. قارچ ها ویروس ها عفونت های پارازیتی